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為了行政立法溝通順暢，林全向柯建銘借將，請出柯的辦公室主任何佩珊出任行政院副祕書長。何佩珊與柯建銘共事廿三年，柯從菜鳥立委到「萬年總召」，何佩珊功不可沒，但其實何佩珊除了是柯辦主任、政策會副執行長外，她更是民進黨中的「知中派」。

何佩珊是野百合世代，曾參與農運、工運等多社運活動，柯建銘笑稱「不要看她這樣，她是可以開宣傳車的！」不同檯面上的台大野百合學運幫，當年就讀輔大的何佩珊是高舉左翼旗幟的「民學聯」大將，曾投入安強、十全美關廠工人抗爭，還為此曾休學，遭判緩刑，是個不折不扣的「左翼女憤青」。

一九九二年立委改選後，何佩珊「右轉」進入國會擔任柯建銘助理，當時柯只是新科立委，初登國會，完全無法與聲勢如日中天的陳水扁、謝長廷相較，然而民進黨執政又在野輪替後，柯建銘成了黨團萬年總召，何佩珊更是扮演右翼負責協調、潤滑角色。

許多國會重要攻防包括二代健保、土地增值稅、及對抗馬政府提出的證所稅，都是由何佩珊穿針引線，民進黨版證所稅雖是時任智庫執行長林全主導，但為黨團和智庫負責溝通整合就是何佩珊，熟知國會運作、議事技巧，又有政治判斷，加上文筆極佳，也讓林全未任閣揆，就開始向柯辦探風聲，盼能請來何佩珊加入。

另外較鮮為人知的，其實何佩珊也是黨內少數「知中派」，她利用工作之餘，到上海復旦經濟所念碩士班，三年完成學業，也因此建立了兩岸人脈，參與不少民進黨人士與對岸交流；柯建銘在蘇貞昌任黨主席時，拋出凍結台獨黨綱議題，也是何佩珊幫忙獻策。

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